崇明区档案局（馆）、崇明区地方志办公室、中共上海市崇明区委党史研究室是区委、区政府主管全区档案、方志、党史工作的职能部门。集中统一管理全区档案资料，确保档案资料的安全、完整，维护党和国家历史的真实面貌；监督和指导全区机关、企事业单位、社会团体的档案、方志工作；对违反国家档案法律、法规的行为，依法给予行政处分；为社会、群众提供档案查询利用服务；开展《崇明县志》、《崇明年鉴》、《崇明县大事记》编纂和档案、地情资料的编研工作；负责征集、编写地方党史资料，开展党史教育和党史宣传工作。

崇明县档案馆成立于1959年1月19日,是集中统一保管崇明县机关、团体、企事业单位以及各乡镇、公司、园区等档案、资料的国家综合性档案馆。崇明县档案局成立于1987年1月24日。2004年1月12日，成立崇明县编史修志办公室，2010年9月21日，更名为崇明县地方志办公室。2014年12月，中共崇明县委党史研究室与崇明县档案局（馆）、崇明县地方志办公室合署办公。

1997年10月，崇明县档案馆晋升为上海市一级先进档案馆，2006年3月，通过市一级馆复查认定。2010年12月晋升为国家二级档案馆。2015年8月被崇明县委宣传部命名为崇明县爱国主义教育基地。

崇明区档案馆于2015年7月底搬迁至新馆，新馆位于崇明新城科技文化中心，用地面积21035平方米，总建筑面积12840平方米，其中档案馆面积11891平方米，档案馆库房面积5939平方米。根据国家档案局关于档案馆“五位一体”的建筑要求，崇明档案新馆设计有利用接待、馆藏、技术保护、展览、办公等五大功能的体现。库房内全部安装了密集架，建立了与档案馆工作相适应的查阅室、展览厅等配套用房，做到了阅览、办公用房、接收整理、保护技术用房四分开。

崇明区档案馆馆藏档案全宗130个，案卷171489卷、文件83699件，资料25类17885册。馆藏档案资料有少量建国前历史档案，大量为建国后档案。档案类型有文书档案、科技档案、专业档案、声像档案等。其中珍贵档案、资料有：明清时期《崇明区志》6部、清同治三年施翘河杨源茂鱼布粮杂行开张布告、鲁惠公后裔绵延八十九世的崇明《施氏家谱》、反映1912～1949年间崇明面貌的20种崇明地方报刊、解放前崇明中共地下党组织的档案、党和国家领导人视察崇明区的照片、题词等。

崇明区档案馆拥有较完善的设施设备，有独立机房、监控室、裱糊室、未开放档案室、音像室、查阅接待大厅、培训教室、数字化用房、现行文件阅览室、展览厅、编目室等，共有服务器11台、备份磁带库2台、磁盘陈列机2台、防磁柜2只、复印机3台，数码照相机3台、网络安全设备8台、档案消毒房等。所有设施设备均有专人负责保管并投入正常使用。库房内配置了自动火警报警系统和高压细水雾灭火控制系统、监控摄像系统、门禁安全系统，配备了恒温恒湿监测系统。2015年7月，在新馆搬迁之际对馆藏档案资料开展了一次整体消毒灭菌工作，确保了馆藏档案的安全。按照相关要求，新馆配置了计算机、排队叫号系统、自助查询电子触摸屏等服务设备，确保了信息公开场所所需的设施设备落实到位。