截止2018年底，崇明区档案馆馆藏档案162个全宗，140553卷，123067件，其中永长保管133014卷，121871件，短期保管7539卷，1196件，档案起止时间为1864年至2018年12月底，馆藏档案按年代大致划分为两大部分：一是中华人民共和国建国前的档案；二是中华人民共和国建国后的档案。档案的主要内容：

一、中华人民共和国建国前的档案，共9个全宗1651卷，主要内容：

1、革命历史档案。地下党的工作计划，向上的综合报告、工作报告；中共江苏省委对崇明县委关于工农斗争形势、当前中心任务、政治形势、党的总任务以及具体工作的指示等；地下党组织状况、党的组织情况、托派破坏等；政治经济情况、“广暴”工作、反帝、士兵、农民斗争、西沙抗捐抗租斗争等材料。

2、旧政权档案。（1）国民党崇明县党部的党员登记表和入党申请书，临时党员合格证明书存根，各区分部党员名册，有关决议、宣言、各种处理卷、党部各种会议记录、党团合并办法、党代表选举办法、党务工作报告、党团员守则、有关党员退党、党政谈话小组会议录、组织规程及履历报告、党部区分部组织卷、执委会会议记录、党部有关决议、党代会选举办法、召开代表大会通知以及施昌炽等19人退党材料；党部农会卷、党部商会卷、农工商组织法卷、汽车业同业工会卷、理发业职业工会卷、砖瓦业产业工会、民船业工会、渔会、工会、农会组织情况，农业生产问题、农会章程、农会立案证书、各乡镇农会会员名册、农会发文簿；各种纪念日宣传纲要及纪念会情况报告、党部新闻卷、宣传工作月报表、新闻类卷和文化运动委员会卷、党部所谓戡乱卷、宣传工作会议记录、宣传计划纲要；县党部兵役类、党部军事、军风礼月报卷。党部各种法令卷、人民呈诉卷、禁烟毒卷、检举汉奸、人民呈控汪伪人员卷；日常经费、党费收据存根、生活补助费清册以及收支对照表、捐款收据存根、退偿中山堂费、地方补助社会事业费、征集救济基金、清还债务办法、党务事业费以及党员抚恤金卷、特别捐征收办法、财会月支经费预算书等。（2）三青团崇明县分团部的各种登记表、清册、名册、存根、个人材料、干事简历、职员任免卷、奖惩办法及受处分人名单、江苏支团主任到职通知、崇明分团给各机关负责人就职通知、团代会组织章程、三青团团章等；江苏支团编辑的所谓“江苏匪情”六期、崇明分团宣传类报告卷、新闻报社调查情况，各种宣传要点、会议录、纪念会办法、推销各种书刊、宣传办法等；对付共产党活动之方法及对策，收集共产党活动情况报告，各种反对共产党的密件、会议录、实施计划、指导纲要、活动方式等文件；办理民众识字班、体育指导等通则，汪伪中国青少年团新民会等办法，禁烟会议录，江南绥靖工作检讨及有关抽丁、经费开支等一般杂文。（3）中统特务崇明县室人员登记表、机关人事调查表、清册、名单、证明单、省室死亡人员简历表、个人材料及有关人员口供笔录、志愿书、申请书、检讨书、保证书、悔过书、自传等各种材料；县长、保安队政指、警察局长、上海新社主任、警察所长等任免通知、任免考核奖惩及各种派令；扩建外围团体及内部人事机构、入党入团、青红帮会组织、调整建立特务机构、扩大组织范围、县室组织情况和分布概况等材料；收集共产党活动情况，各种特务工作要点、指示、实施办法，对收复区共产党员的处理办法、实施纲要及对策，工作会议记录、枪支弹药、情报、财产、经费支出等各种材料；中统县室工作计划、调查、总结、县室文件送达回单、来往函件、密告计划表、情报通讯工作注意点、党政处理办法、办理案件注意事项等有关通告、县室文件移交清册、收文簿、发文簿、县室卷宗目录等材料。（4）蒋日汪伪行政崇明县政府，蒋日汪伪的各种名册、登记表、清册、同学录、校友录、会员名单、简章草案、组织章程、简则、办法、组织概况、调离指令、任免通知、履历表、结业证书、国民党入党申请表、自首等个人材料及证件；县府有关征兵工作的草案、实施纲要办法、宣传大纲、兵役协会职员及督征员名册、会议录、征兵名册、官员花名册、陆军总司令部判决书及“述民国17年崇明内外沙清兵剿匪经过”等、警察局指令、工作报告、拘留人犯日报表、自卫队枪支登记卷、武器号码等情况、编制组训办法、枪支申请书等。县长郭纯一等被控案、渎职案、争回嵊泗列岛案、严惩贪污案、东沙正大行舞弊案、二区抢物案、地方治安及川沙县教育局长陶其情被控案、地方法院调解委员会名单、关于姓名使用条例、刑法修正条文等训令；崇明县各年度地方岁收岁出预算书、决算书、税捐稽征处工作报告、县府会计报告表、参议员提议免征小车牌照捐、结束田赋征收、停征土布营业税、酌情减去营业税、取缔沿路摊贩私人营业、免征汽车运输营业税；地主收租簿、记账簿、江苏省农民银行崇明办事处决算表（上、下期）、崇明储蓄处决算表（上、下期）、日伪时期各种债券、各种兑换券、钞票、股票等；农业增产设施计划书、工作报告、整顿公路桥梁、参议员提议公营城堡两处码头、兴修城南海塘、筹建架设乡镇电话、督修兴农、界虹两乡堤岸、修理驻军营房、筹辟公路、修建文庙及鳌山公园、修建忠烈祠、新兵征集所、塘工救济、拓宽街道、小沙修堤置闸防汛筑圩等；县府救济卷、有待军人家属条例，救济遭台风灾害难民、救济协会会议录、协会委员会及各组组长名册、救济物资具领清册、县府难民调查登记表、参议会提案育婴基金救济、恢复孤儿院等材料；推行防疫工作、整顿医师、市镇卫生、各机关关于夏令卫生禁烟毒、肃清烟毒等文件；提高教师待遇、确定教育经费普及教育、恢复老新桥初级小学、扶助文化事业发展等材料；《崇报》等广告记载簿、现金日记簿、崇明新闻记者公会会议记录、会章草案等发文底稿、发文簿、杂事卷等等；理教“慈善堂”证明书、普济堂公所“礼簿”圣象八宝清册、功德簿、天主教“圣洗录”、“圣事录”等宗教方面的材料；崇明庙镇地区历史旧军人照片，崇明县政府、县党部、敌伪军政人员、堡镇地区旧人员照片，堡镇警察分局等照片、伪崇明各乡乡长照片，马桥、汲浜乡收集的照片，崇明县妇女会、县商会、民本中学学生自治会等照片及有关个人的照片；清朝时期档案：收租及开合登记帐、征收地漕盐课等项银钱粮的通知单、施翘河杨源茂鱼布粮杂行的开张布告，文尾盖有崇明县正堂的大红印章。（5）汪伪大民会崇明支部，汪伪大民会县支部的章程、细则、简历、调查材料、会议录、计划方案等；庆祝纪念活动等宣传稿件、月报、补习教育材料；来往文件、信件、民众反映、收发文簿等。

3、崇明县各种历史报刊及同学录。1915年至1949年间，县编辑出版的各种历史报刊及同学录材料。主要有《新崇明》、《新崇报》、《崇明报》、《新崇明报》、《瀛钟》、《瀛江日报》、《崇明日报》、《崇光报》、《崇报》、《瀛报》等，还有《农业杂志》、《沪海道属旅宁——同乡会年刊》、《县私立登瀛小学廿五周年纪念刊》、《崇农月刊》、《商联月刊》、《学余月刊》等刊物。

4、崇明县商会。商会及各同业公会、宣传委员会、卫生委员会、联谊会、禁烟协会、筹募鞋袜会、军民联欢会、新生活运动委员会等会议记录；县商会与江苏省商联会以及县商会与县政府间的来往文书、章程规则；县商会及各同业公会会员名册、理监事简历表；商标管理、商业登记、商号证明、营业牌照、价格调整、监务事项、会计经济、筹募资金、条例办法、物品禁运、国货展览、崇沪航线调整；救济院和育婴堂事业。

5、崇明县大通富安纱厂。大通、富安两厂的董事会、董监事联席会、紧急会、应变会、同人联谊会、职工福利会等会议记录；各行业、各级政府、团体与两厂的来往文书、厂务函件和私人业务联系及各种规章制度等；股东和股额登记册、股东签名簿、股东会会议记录和招股简章等；工人、职员、自卫队等各类名册，董监事、联谊会、福利会的主席、董事长、董事、监事、委员等名单和选举的得票数等；执照、业务来往函件、货物、税额、债务、部分收支清单、清册，劳资纠纷、工运、工潮、守备、戡乱、建筑和敌产处理等有关文件资料。

二、中华人民共和国建国后的档案，共113个全宗189562卷,44187件，主要内容：

1、领导工作。中共崇明县委、县人民政府、县政治协商会议等领导活动的会议记录、工作会议文件，历届代表大会文件；关于政治运动、农村政策和组织、宣传、统战等工作的请示与批复。

2、群团活动。工会、共青团、妇女联合会、贫协会、工商联等组织的活动材料，私营工商业登记清册，公私合营的申请书。

3、人事民政。机构设置、人员编制、干部调配与培训、科技人员引进、职称评定、转正、定级、转业退伍军人安置、大中专毕业生分配、人员奖惩处分、工资福利、国家机关事业单位干部及集体所有制单位人员统计、退休退职统计、干部花名册等文件材料；烈军属登记、抚恤、优待发证，救济、婚姻登记，残疾、失踪军人登记，优抚对象普查及补助，殡葬馆、福利院等工作材料。

4、计划统计。国民经济和社会发展计划编制，经济综合平衡工作；农业、工业、商业统计、劳动工资统计、人口统计、统计分析等。

5、工业邮电。县属工业产品成本计算，产值执行情况，生产指标，企业整顿，新建工厂，新办项目，工厂联营，农机生产，手工业技术革新，清理积压物资等文件材料，邮电业务建设、报刊发行、通讯设备添置、机线维修、保护计划和情况报告。

6、农牧渔水。农业技术推广，生产管理，病虫害防治，土壤改良，良种选用；家禽饲养，禽畜防疫，良种推广，多种经营；淡水鱼养殖，海洋长江捕捞，渔政管理；林业、绿化、果园、蔬菜；水利工程，围垦滩地，水文测量，气象观测，防汛防台，电力灌溉，农机使用等的文件材料。

7、交通建设。县市政建设规划，道路、桥梁建筑工程计划、设计、建设、管理；航政港务管理监督、运输计划、水陆客运、货运、民船运输、装卸、码头设计竣工、数字统计等。

8、财政贸易。财政预决算，经费审批，减免税政策，农村金融，现金与工资基金管理，信用合作，财务处理，资金调查，贷款监督，现金出纳，押汇业务，储蓄存款，调整利率，金库和货币管理，公债发行等。商品流通，市场调节，农副产品收购、供应、价格调整，计划品票证发放，猪、禽、蛋定购，五金交电、石油、煤炭、棉布、食盐等商品管理分配，日用工业品及钢材供应，粮油饲料的购销、分配、加工，粮食仓储、调运，市场管理，商标管理等的规定、通知。

9、文教卫生。文化事业、剧团管理、文化娱乐、文艺骨干培训、文物保护、书刊发行、电影的放映与发行、文化馆及俱乐部业务活动等材料。学校概况、教师进修、扫除文盲、推广普通话。卫生防疫、合作医疗、麻风病防治、妇幼保健、计划生育、医疗事故等登记统计材料。群众体育运动材料等。

10、乡镇档案。各乡、镇代表会议、代表大会、领导会议、乡镇建设、工农业生产、经济状况、婚姻登记、户口迁移、知青下乡等文件材料。

11、普查类档案。房屋普查、工业普查、企业整顿、土壤普查、人口普查。

12、崇明县名人档案（包括个人简历、业务工作、成果论著、荣誉等）。

13、声像档案。有崇明区党代会、人代会的照片；市委、市府领导视察崇明的照片；党和国家领导人视察本区的照片；城区面貌变迁、运动会、重大活动照片；区属各部门职能活动照片等；党建宣传光盘等。

14、专门专业档案。主要有婚姻档案、会计档案、工商歇业档案、人口和农业普查档案、收养档案、统计档案、死亡干部档案、农村土地确权档案、征兵入伍档案、农村宅基地档案等。

15、科技档案。主要有基建档案等。

16、荣誉档案。主要是区及所属各部门有关方面工作被授于全国、市级先进的奖状、奖杯、奖章、证书等。

17、实物档案。主要是生态岛建设中签名册、各种证件、纪念徽章、印章、宣传资料等。